作为一个跨学科、性的实体性人文研究机构，思勉人文高等研究院以华东师大“中国思想传统与文化变迁”哲学社会科学985国家创新为基础，以教育部人文社会科学重点研究中国现代思想文化研究所、中国文字研究与应用中心为主干，依托中文系、历史系、哲学系与古籍研究所，旨在传承人文学术传统，探索学科融合的新生点和新型的学术研究机制，凝聚和培养杰出的人文研究人才。
在学术研究体制上，思勉人文高等研究院在一定程度上突破了大学原有的系所分割科研体制。高研院将采用驻院研究员制度，聘用校内具有较深学术造诣、从事5年以上教学科研工作的人文学科在岗、在编副教授、教授为校内驻院研究员，聘期为半年至三年不等，聘期结束后回原系、所任教。受聘期间，校内驻院研究员可享受学术休假待遇，不承担原系、所教学与社会工作，但享受满工作量待遇，由原系、所发放。这样做的目的，是为优秀人才提供宽松的研究条件，以便更好吸纳人才，形成高水平的研究队伍，孕育人文学科力作。
华东师大为思勉人文高等研究员配备了20个专职科研编制，不仅用于具备享受学术休假资格的在岗在编教师，还包括在选拔的、具有发展潜力和培养前途的优秀青年研究人员以及退休教授等。聘期内，研究人员须全时驻院从事科学研究和研究生培养工作。
此外，研究院还将积极组织开展学术研讨会、学术论坛、专题研讨班、学术沙龙等多种形式的学术活动，开设思勉人文，定期邀请知名学者；下辖思勉人文图书馆，收藏专题性图书、报刊资料20余万册；开设思勉人文网，内有中国经典、中国现代思想、中国现代文学、中国文字数字化、江南学、海外中国学等多个大型数据库，供读者公开查阅、使用。高研院也将作为招生单位列入学校招生目录，招收跨学科的硕士、博士研究生。
在人文学科的综合性研究、跨学科发展方面，华东师范大学早有源自光华大学、大夏大学的深厚人文学术传统，以及吕思勉、施蛰存、冯契、王元化等一批学者开创的学术之。