dvdes-688秘鲁的土地上在 20000 年前就有人居住。最早原始文化出现在公元前 10000 年。3000 之后，人们由捕猎转为定居生活，开始种植玉米和棉花，并开始驯养动物。之后，又出现了纺织品和最初的陶器。
在秘鲁北部海岸的 Norte Chico 地区，发现了南美最早的文明痕迹。在公元前三十世纪这个地区就已经开始了它的繁荣期。这种文明除了以 Norte Chico 命名，又被称为 Caral-Supe 文明或 Caral 文明。卡拉尔（Caral）也是地名，位于 Supe 山谷，是 Norte Chico 文明中最大、最完善的遗址，占地 66 公顷，繁盛期居民数超过 3000。在 Norte Chico 文明遗址中，卡拉尔是研究最为完善的一处，通过对卡拉尔文化遗存的解读，五千年前的秘鲁人的生活状况逐渐被现代人了。
印加人的祖先生活在安第斯高原的的喀喀湖畔，公元10世纪，他们在第一代王曼科·卡帕克（Manco Cpac）率领下，开始向北迁徙，并在1243年占领了今秘鲁库斯科（Cusco，印加语的意思是“大地的肚脐”），建立了库斯科王国（The Kingdom of Cusco）。
1438年，帕库查提即位后，随即对临近的王国发动了一系列成功的战役。使他的帝国领土范围从今厄瓜多尔一直延伸的智利，成为南美洲最强大的王国。库斯科王国发展为印加帝国（克丘亚语Tawantin Suyu或Tahuantinsuyo，英语The INCA Empire）。国王帕查库提（Pachacuti）把印加帝国分成四大行政区，称为“塔万廷苏尤”，意思是“世界的四个部分”，东部叫“安蒂苏尤（Antisuyu）”，西部叫“孔蒂苏尤（Contisuyo）”，北部叫“钦察苏尤（Chinchaysuyu）”，南部叫“科利亚苏尤（Collasuyo）”。而四个“苏尤”的中心，就是国都库斯科（Cusco）。
传统上，只有印加之子才可以统领军队。帕查库提之子图帕克·印加·尤潘基（Tupac Inca Yupanqui）在1463年开始对北部的征服。直到1471年帕查库提死去，征服还在继续。其中最重要的就是战胜了奇穆（Chimu）王国。当时这个秘鲁北部海滨的王国强大而又富有，也是印加最大的对手。从此，南美洲剩下的小国中几乎再没有能够挑战印加帝国的国家存在。印加帝国扩大到整个南美洲西部（地跨秘鲁、厄瓜多尔、哥伦比亚、玻利维亚、智利、阿根廷）。南北长达4000公里，面积约90万平方公里。
1522年，西班牙征服者弗朗西斯科·皮萨罗远征今哥斯达黎加境内的乌拉卡部落，受到友好接待并满载而归。远征中他听说了“盛产黄金”的印加，并产生了征服印加、攫取土地、地位和财富的念头。
1524年11月，得到巴拿马督军佩德拉里亚斯的特许，皮萨罗和阿尔马格罗、神甫卢克三个人合伙带领112个西班牙人和少量印第安人俘虏，对秘鲁进行了第一次探险，迷航到了哥伦比亚，并未到达印加，仅获得少量黄金。
1526年，皮萨罗和阿尔马格罗重新组织了160人的探险队伍，进行第二次远征。他们在厄尔多瓜登陆后，与数不清的印第安人发生激战，阿尔马格罗因此瞎了一只眼睛。皮萨罗知道不得到巴拿马殖民者的援军，难以达到目的，便派阿尔马格罗回巴拿马求援。阿尔马格罗回到巴拿马后，巴拿马的督军已经换成了里奥斯。新的督军不信任皮萨罗的胆大计划，了阿尔马格罗，并派出使者，要召回皮萨罗，强令他放弃征服事业。结果，只有“加略岛十三勇士”决定皮萨罗，一起去南方探险。
1528年春，在西班牙国王查理五世后后，皮萨罗被任命为“新卡斯提尔”总督，负责征服印加。皮萨罗可以获得新殖民地4/5的财富。阿尔马格罗为秘鲁城市通贝斯城的司令，神甫卢克为通贝斯城的主教。“加略岛十三勇士”，全部被授予世袭的骑士称号，每人分到1000个印第安人奴隶和大量的庄园土地。
1529年，在瓦伊纳·卡帕克和皇位继承人尼南·库尤奇（Ninan Cuyochi）感染天花而意外去世后，两位继承人选瓦斯卡尔（Huascar）和阿塔瓦尔帕（Atahualpa）为了争夺，而爆发内战。瓦斯卡是活着的嫡系中最大的儿子，但瓦伊纳·卡帕克一直偏爱阿塔瓦尔帕。而阿塔瓦尔帕只有一半王族血统，他的母亲只是瓦伊纳·卡帕克以前的一个。
印加帝国最终被一分为二，交由瓦斯卡和阿塔瓦尔帕分别管理。其中，90%的土地和80%的人口，以及首都库斯科和重要都给了瓦斯卡尔。阿塔瓦尔帕只得到了北部三个重要城市：卡哈马卡（Cajamarca）、基多（Quito）、Tumebamba。印加北部也正是阿塔瓦尔帕母亲的故乡。
1531年，瓦斯卡尔要求阿塔瓦尔帕向他宣誓，阿塔瓦尔帕了。瓦斯卡的举动可能原本就是为战争寻找借口。他的军队很快越过了阿塔瓦尔帕领地的边界。但阿塔瓦尔帕的军队很快击败了瓦斯卡，瓦斯卡向南撤退。
1532 年 4 月，瓦斯卡儿的军队退到了库斯科附近，被阿塔瓦尔帕的军队消灭。瓦斯卡尔的家庭和他的支持者都被处死，库斯科失陷，瓦斯卡尔被俘。印加帝国再次统一。阿塔瓦尔帕成为整个印加帝国唯一的者。在内战中，至少 10 万士兵死亡和10万平民被，而实际死亡人数可能是这个数字的十倍。小城市被夷为平地，连Tumebamba 这样的重城也被烧成灰烬，这次内战大大地削弱了印加帝国的实力。
皮萨罗得知印加内战的消息，感到时机成熟，开始第四次远征库斯科。从巴拿马出发一年后到达秘鲁海岸。1532年11月，皮萨罗带领180人的军队到达卡哈马卡城。阿塔瓦尔帕带领一支约4万人的军队驻在该城。皮萨罗施计俘虏了阿塔瓦尔帕，为了获得，阿塔瓦尔帕付给皮萨罗价值约2800万美元的金银财宝作为赎金。
1533年8月29日，阿塔瓦尔帕以徒的身份被皮萨罗通过螺旋绞刑（Garrote）的方式。印加帝国，沦为西班牙帝国的殖民地——秘鲁总督区（Viceroyalty of Peru）。
1536年，傀儡印加王逃走并领导一支印地安起义军西班牙人的。西班牙军队曾一度被围困在利马和库斯科。次年，西班牙恢复对国家大部分地区的控制。
1537年，阿尔马格罗认为皮萨罗战利品分配不公而反叛。阿尔马格罗联合皮萨罗的下属进攻皮萨罗，后他被皮萨罗俘获并处死。
1541年，就在皮萨罗的军队胜利进入印加首都库斯科8年以后，阿尔马格罗的者攻人皮萨罗的，了这位66岁的首领。
1572年，西班牙任命的总督托雷多借口使臣被杀，派兵进攻比尔卡班巴，最后一位印加王、还是少年的图帕克·阿马鲁（Tupac Amaru）弃城逃亡，最终兵败被俘。尽管很多人都相信图帕·卡马鲁是的，托雷多仍然决定将他处死。图帕·卡马鲁最终在库斯科中央广场被当众枭首。但是西班牙国王菲利普二世并不同意处死图帕·卡马鲁的决定，托雷多失去了西班牙国王的信任和宠爱。1581年他被召回西班牙并被起来，直至1584年自然死亡。
西班牙人对印加实行了的。他们几乎所有祭司，推行。由于祭司是印加唯一的知识阶层，这一导致大量印加史料和文明失传。他们还大量印加建筑、木乃伊和陵墓，财物，导致许多珍贵的文明遗迹被毁。更严重的是，他们带来了的疾病，如天花、麻疹，毫无抵抗力的印第安人因此大批死亡，据历史记载，西班牙人抵达后半个世纪内，印加核心区域的人口竟从700万下降到不足50万。
1810年，哥伦比亚运动爆发。1821年，哥伦比亚与现厄瓜多尔、委内瑞拉、巴拿马组成大哥伦比亚国。此时新格兰纳达改名为“大哥伦比亚国”（Gran Colombia）。后来改名为今哥伦比亚。今天哥伦比亚周围国家的一些人依然称哥伦比亚人为“新格拉纳达人”（neogranadinos）。
1776年，拉普拉塔总督区又从秘鲁总督区中划出，首府布宜诺斯艾利斯。领土覆盖拉普拉塔平原大部分地区，包括今天的阿根廷、玻利维亚、巴拉圭和乌拉圭等国。
1811年，西班牙最高中央军任命拉普拉塔河东岸区（即今乌拉圭）的省长弗朗西斯科·哈维尔·德·埃利奥为新拉普拉塔总督。5月18日，军在拉斯彼德拉斯战役中战胜西班牙殖民军。
1824年12月9日，来自拉美的起义军在名将苏克雷率领下，大破西班牙军于印加故地、秘鲁的阿亚库巧，这次战役被称为“奠基之战”，印加之耻得到洗雪，标志秘鲁总督区解体。
1866年，智利与玻利维亚签订边界条约，以南纬24线线线之间一切矿产品和输出产品的关税，由两国平分。同年，智利和英国合资经营的硝石公司同玻利维亚签订合同，取得在安托法加斯塔地区的开采权。
1874年，玻、智两国签订新约，智利放弃南纬24线以北地区的全部，玻利维亚同意在25年内对智利公司不提高现行税率。
1878年，玻利维亚出于筹措军费的需要，决定单方面增加智利－英国矿业公司税额。但矿业公司根据1874年条约交纳。玻利维亚决定其全部资产并公开拍卖。
1879年2月14日，智利在英国的支持下，出兵占领玻利维亚最大的港口安托法加斯塔。而秘鲁与玻利维亚关系亲密，双方曾在1873年秘密缔结军事同盟条约。智利遂于4月5日正式向秘鲁和玻利维亚两国宣战。这次战争被称为“南美太平洋战争（War of the Pacific in Southern America）”，又由于战争起因来自三国对鸟粪和硝石资源的争夺，因此也被称为“鸟粪战争”或“硝石战争”。
1880年初，智利军队在秘鲁伊洛和帕科查港登陆，占领莫克瓜，通过沙漠地带，在塔克纳和阿里卡两次战役中打败了玻秘联军。至此，玻利维亚失去了所有太平洋沿海领土，秘鲁海军则全军覆没。
1883年10月20日，秘鲁与智利在利马北部安孔城签订条约，结束了南美太平洋战争。根据《安孔条约》，秘鲁将塔拉帕卡省割让给智利，并将塔克纳和阿里卡两地区交给智利管辖10年。玻利维亚则先后于1884年和1904年与智利签订了《瓦尔帕莱索协定》和“和平友好条约”。玻利维亚了安第斯山脉与太平洋沿岸之间的全部领土，变成了一个没有出海口的内陆国。
格兰查科地区位于巴拉圭河以西、安第斯山脉以东，亚马孙盆地以南，潘帕斯草原以北，面积约65万平方公里，但人烟稀少、缺乏物产。玻利维亚和巴拉圭对格兰查科北部约26万平方公里土地的归属一直存在争议。
1928年起，玻、巴两国开始在查科大峡谷爆发武装冲突。玻利维亚军队竭尽全力想控制流经查科大峡谷的巴拉圭河，借以获得通向大西洋的入海口。
1932年6月15日，玻利维亚出兵占领了北查科荒漠中的巴军要塞皮蒂安图塔和博克龙，以这一次小规模边界冲突为借口向巴拉圭正式宣战，查科战争全面爆发。
1933年5月10日，巴拉圭正式对玻利维亚宣战。指挥官何塞·费利克斯·埃斯蒂加里维亚（Jos Flix Estigarribia）中校经数月准备，于1933年10月指挥2.5万名巴军在70公里长的战线月中旬把战争推向玻利维亚占领的查科地区，玻利维亚惨败。
1938年，波、巴两国代表在阿根廷首都布宜诺斯艾利斯签订了《查科和约》。巴拉圭获得北格兰查科地区约18万平方公里的土地，并称之为“查科地区”（Chaco）；玻利维亚获得约8万平方公里，并得到经巴拉圭河进入大西洋的航行权。
1929年，在美国总统赫伯特·克拉克·胡佛（Herbert Clark Hoover）调解下，秘鲁与智达成《利塔克纳－阿里卡协议》（Tacna-Arica compromise）。协议：（1）秘鲁收回塔克纳省，智利占有阿里卡地区并补偿秘鲁6百万美元；（2）智利为秘鲁修建一个运输码头、一座海关大楼和一条直达秘鲁南部塔克纳省的铁，并交给秘鲁永久使用；（3）在秘鲁没有同意的情况下，智利不能割让前秘鲁领土与第三国。
1963年1月，玻利维亚批准建立了一只内河海军。当时只有4艘美国提供的船只和1800多人。
1975年，智利总统奥古斯托·皮诺切特提议通过领土交换的方式划出一出海走廊给玻利维亚。但秘鲁总统弗朗西斯科·莫拉莱斯·贝穆德斯·塞鲁蒂 （Francisco Morales Bermdez Cerruti）援引1929年《利塔克纳－阿里卡协议》否决了这一方案。秘鲁同时提议三国共管阿里卡地区，但被智利否决。
1992年，秘鲁与玻利维亚签订协议，秘鲁同意玻利维亚使用其南部伊洛港，并在伊洛地区向玻提供土地建立经济特区，土地使用期限为99年，合同到期后可续延。由于伊洛港规模较小，设施陈旧，无法停泊大型船只，因此长期以来，玻利维亚的出口业务受到。
2003年，由土著人、劳工及古柯种植农联合会共同发起大，引发玻利维亚骚乱，最终导致贡萨洛·桑切斯总统辞职。事情原由是玻利维亚通过智利建立一条输油管道以向外出口天然气，然而这项计划立即激起了玻利维亚人的民族情结和压抑在心中久藏的怒火。因此恢复出海口就成为玻利维亚的优先考虑的问题。
2004年1月，在墨西哥蒙特雷举行的美洲峰会上，玻利维亚总统梅萨提出要将出海口问题在大会上予以讨论。智利总统拉戈斯愤然表示和玻利维亚就任何问题进行讨论也和梅萨私下会晤。拉戈斯声称智利和玻利维亚不存在任何悬而未决的问题。
2005年3月，秘鲁外长罗德里格斯发表声明说，如果玻利维亚和智利在对出海口问题进行谈判时涉及到可能把阿里卡港作为玻出海口这一问题的线年《利塔克纳－阿里卡协议》对此进行干预。
2010年8月，智利总统皮涅拉（Sebastian Pinera）和玻利维亚总统莫拉莱斯（Evo Morales）共同在阿根廷圣胡安举行的南方共同市场首脑会议。两位元首会晤以后，智利总统皮涅拉确认准备北部的伊基克港作为玻利维亚出海通过的区。
2010年10月19日，秘鲁总统加西亚却与玻利维亚总统莫拉莱斯签署一份补充协议，允许玻利维亚在距离秘鲁南部海港伊洛港10英里的地方建造并运行一个小型港口。
2012年6月2日，在哥伦比亚首都波哥大举行的安第斯议会议会全体会议上通过一项决议，要求智利和玻利维亚克服分歧，“两国和人民在尊重、互补和兄弟情谊”的框架内解决玻利维亚的太平洋出海口要求。
2013年4月17日，玻利维亚通过荷兰海牙国际法院正式对智利提出，要求智利同玻利维亚展开有诚意的谈判，尽快达成实质性的协议，让玻利维亚拥有永久性的太平洋出海口。对此，智利立即作出回应，声称：“没有对话的可能。”智利总统皮涅拉表示，不会在领土问题上让步，并将一切力量捍卫智利的每一寸领土。皮涅拉同时表示，智利将保持一种建设性的态度开展对话，力争找到一个具体的、可实施的、对两国均有益的解决方案，确保玻利维亚的产品通过智利的港口销往世界各地。